Ein neuerer Weg auch pathologische Mikroorganismen zu klassifizieren, also von verwandten Arten zu unterscheiden, besteht darin, zunächst einige der in ihnen vorkommenden Proteine zu analysieren. Ein Massenspektrometer nimmt deren "Fingerabdruck" auf. Das Muster der unbekannten Probe gleicht er mit bekannten ab. Voraussetzung für diese besonders schnelle Analytik ist es natürlich, dass Art und Mengenverhältnisse der verschiedenen Eiweißbausteine für möglichst viele Mikroben in Datenbanken abgelegt sind.
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