Oft finden sich in Klärschlämmen Schwermetalle sowie organische Belastungen aus Reinigungsmitteln, Körperpflegeprodukten, Heimwerkerchemikalien oder Arzneimitteln. Auch sind die Schlämme zum Teil mit Krankheitserregern belastet. Laut Weltgesundheitsorganisation können Klärschlämme enthalten: Würmer, Bakterien (Fäkal-Coliforme, Legionellen, Salmonellen) sowie Viren (unter anderem Rota- und Hepatitis-A-Virus). Die Verwertung von Klärschlämmen ist durch die Klärschlammverordnung geregelt. Sie definiert Grenzwerte für Schwermetalle und andere Schadstoffe und fordert die sogenannte Hygienisierung, um die Konzentration der enthaltenen Krankheitserreger zu reduzieren. Für das Ausbringen von Klärschlämmen aus kleinen und mittelgroßen Anlagen gelten jedoch weniger strenge Anforderungen. Dieser Klärschlamm wird nicht zwingend hygienisiert, bevor er auf dem Acker landet.
Der in Bad Sobernheim eingesetzte Klärschlamm kommt zum Teil aus Kläranlagen ohne Hygienisierung und enthält damit potenziell Keime und Erreger. Eine Nachfrage von ABO Wind bei der rheinland-pfälzischen Struktur- und Genehmigungsdirektion über die genaue Herkunft und Mengen der rund um Bad Sobernheim ausgebrachten Klärschlämme blieb unbeantwortet, so dass eine genaue Angabe über die tatsächlichen Belastungen nicht möglich ist. "Fakt ist aber, dass Gärsubstrate aus Biogasanlagen ausnahmslos hygienisiert sind; ihre Keimbelastung ist so gering, dass sie als Bodendünger unbedenklich sind", betont Biogas-Planer Grohganz. Wer Angst vor Keimen auf Ackerflächen habe, sollte sich daher für den Bau einer Biogasanlage engagieren, empfiehlt er.
Auch das Umweltbundesamt fordert in der Studie "Klärschlammentsorgung in der Bundesrepublik Deutschland" langfristig den Ausstieg aus der landwirtschaftlichen Klärschlammnutzung. Die dadurch fehlenden organischen Substanzen des Klärschlamms als Humusbildner sollen, so die Empfehlung des Umweltbundesamtes, unter anderem durch Reste aus der Bioabfallverwertung ersetzt werden.