Das Übereinkommen bietet IT-Unternehmen keinen ausreichenden Schutz vor zweifelhaften Patenten im Bereich der Software. Insbesondere ist nicht gewährleistet, dass Patente einer inhaltlichen Prüfung unterzogen werden, bevor ein Urteil über eine Patentverletzung getroffen wird. Auf diese Weise bleibt es möglich, dass mittelständische Unternehmen mit ihren Produkten vom Markt gedrängt werden, weil der Verkauf aufgrund eines gerichtlich nicht geprüften Patents durch Urteil verboten wird. BITMi-Fachgruppensprecher Rasmus Keller fasst zusammen: „Diese im Übereinkommen angelegte strukturelle Bevorzugung des Patentinhabers ist gerade vor dem Hintergrund eines hohen Anteils von rechtswidrigen Patenten nicht akzeptabel.“
Das Übereinkommen leidet weiterhin an einem gravierenden Demokratiedefizit. Über die für die Praxis wichtige Verfahrensordnung für das neue Gericht wird der Bundestag gar nicht entscheiden können. Vielmehr soll der Bundestag mit Zustimmung zum Abkommen die Entscheidungskompetenz über die Verfahrensordnung auf einen Verwaltungsrat delegieren.
Keller führt aus: „Die Gesetzgebung im Patentwesen bedarf einer breiten parlamentarischen Debatte. Eine Verlagerung auf außerparlamentarische Gremien ist der falsche Weg.“
Schließlich bietet das Übereinkommen keine einheitliche europäische Lösung, da die EU-Mitglieder Spanien und Polen nicht teilnehmen werden. „Wir werden uns für eine mittelstandsfreundliche Fortentwicklung des europäischen Patentsystems einsetzen“, betont Dr. Oliver Grün, Präsident des BITMI und des europäischen Mittelstandsverbands PIN-SME.