Professor Köhler gründete 1991 das eigenständige, gemeinnützige "Institut für Fügetechnik und Werkstoffprüfung" in Jena als Reaktion auf das Ende der ingenieurwissenschaftlichen Ausbildung an der Friedrich-Schiller-Universität. "Sein Institut führte er in unermüdlichem Einsatz zu einer international anerkannten Einrichtung, wo Forschung, Bildung und Dienstleistung getreu dem Humboldtschen Prinzip als Einheit gelebt werden", erklärte Dr. Ehrfried Starke, Standortleiter des Steinbeis-Transferzentrum Meuselwitz und einer der beiden Laudatoren. Am Institut, das anlässlich von Günter Köhlers 65. Geburtstag 2006 in "ifw - Günter-Köhler-Institut für Fügetechnik und Werkstoffprüfung" umbenannt wurde, stehen fügetechnische Prozesse im Mittelpunkt der Forschung. Neben der klassischen Schweißtechnik gehören dazu vor allem das Diffusionsschweißen, das Löten, Wärmebehandeln und Kleben sowie die Lasermaterialbearbeitung. Weit über 100 Veröffentlichungen sowie etwa 20 Patente zeugen von Günter Köhlers großer Kompetenz in der Fügetechnik.
Seit 2009 ist Professor Köhler Geschäftsführer der Steinbeis Produktions- und Fügetechnik GmbH in Jena. Er engagiert sich jedoch nicht nur für (Füge-)Technik, sondern auch für Kunst sowie für die Verbindung von beidem. Im DVS - Deutscher Verband für Schweißen und verwandte Verfahren e. V. ist Professor Köhler seit 1991 Vorsitzender des Landesverbandes Thüringen sowie Mitglied im DVS-Vorstandsrat. Für sein langjähriges Engagement wurde er bereits 1996 mit dem DVS-Ehrenring ausgezeichnet und 2006 zum DVS-Ehrenmitglied ernannt.