Nach der Rechnungsprüfung ist die logische Konsequenz die Eingangsrechnungen für die Buchhaltung zu exportieren bzw. die Zahlung der offenen Rechnungen anzuweisen. Die Überweisungsdaten von Eingangsrechnungen können in diesem Zusammenhang als standardisierte Export-Datei ausgeben werden. Die Datei kann anschließend im Onlinebanking zur Übertragung an die Bank verwendet werden. Somit wird der Erfassungsaufwand beim Onlinebanking minimiert.
Die Unternehmenssoftware verknüpft damit die Rechnungsprüfung im Einkauf eng mit der Zahlungsfreigabe. Die neu integrierte Funktionalität unterstützt den digitalen Zahlungsverkehr an Lieferanten. Insbesondere in kleinen und mittleren Unternehmen in denen die Finanzbuchhaltung an einen Steuerberater ausgelagert ist, verkürzt die SEPA-Datenaufbereitung die Bearbeitungszeit von der Rechnungsprüfung bis zur Zahlungsanweisung deutlich.