Von Beginn an, seit 2011 unterstützt GISA gemeinsam mit dem Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) Studierende, deren Werdegang herausragende Leistungen in Studium und Beruf erwarten lässt, die sich durch ihr ausgeprägtes gesellschaftliches Engagement auszeichnen oder auf ihrem Lebensweg besondere Hürden zu überwinden haben. Ein Jahr lang erhalten sie von GISA und dem BMBF monatlich 300 Euro zu gleichen Teilen, also insgesamt 3.600 Euro.
Das Stipendienprogramm wurde vor genau zehn Jahren ins Leben gerufen und gilt als die größte öffentlich-private Bildungspartnerschaft Deutschlands, an der sich Unternehmen und Privatpersonen aus dem gesamten Bundesgebiet beteiligen. GISA hat bisher 42 Stipendien vergeben, vorzugsweise in den Studiengängen Informatik, Angewandte Informatik, Wirtschaftsinformatik, Medieninformatik, Informationsmanagement und Softwarelokalisierung.