Die Computer-Science-Theorien, die bei Deep Blue untersucht wurden (parallele Berechnungen in millionenfacher Menge) waren die Grundlage für Blue Gene und haben die heutigen Multicore-Chip-Designs eingeleitet. Blue Gene findet seinen Einsatz in Wissenschaft und Forschung für neue Ergebnisse in den Bereichen Life Sciences (Proteinfaltung, genetische Forschung, Gehirnforschung), Hydrodynamik, Quantenchemie, Astronomie, Materialforschung und Klimamodellierung.
Derzeit befinden sich Blue Gene-Systeme an Platz 1 und 3 der Top500-Supercomputer-Liste. Unter den Top 150-Systemen befinden sich insgesamt 28 Blue Gene-Systeme, unter anderem der weltweit schnellste Supercomputerim US Department of Energy/Lawrence Livermore National Laboratory. Derzeit gibt es 15 Blue Gene-Installationen in den USA, und weitere in der Schweiz, in Japan, Deutschland, in den Niederlanden, in Frankreich und in Großbritannien.