Im Modus "Joblisten Verarbeitung" sucht der PDF Compressor aber nicht nach den gescannten Bildern, sondern nach ASCII Dateien, den sogenannten "Joblists", die alle Anweisungen eines Jobs beinhalten. In den Joblists wird definiert, wo die gescannten Dokumenten vorliegen und wo die komprimierten PDF/A-Dateien anschließend abzulegen sind. Außerdem können verschiedene Einstellungen wie Kompressionsparameter oder Metadaten gespeichert werden.
Durch das Anlegen von Joblisten können vor- und nachgelagerte Prozesse gesteuert werden. Im Vorprozess werden diese dynamisch erzeugt, während in den nachfolgenden Schritten der PDF Compressor anhand von "go"-und "ready"-Dateien den Workflow steuert.
In diesem Fall spricht man von einem vollständig dynamischen und synchronen Workflow. In der Praxis beispielsweise steuern mehrere Scanner mit Ihrer Capturesoftware einen zentralen PDF Compressor. Nachdem der PDF Compressor hoch komprimierte und im Volltext durchsuchbare PDF- bzw. PDF/A-Dateien erzeugt hat, steuert dieser eine nachfolgende Rechnungslese-Software.