Nach dem Leitbild "Ihr Vertrauen - Unser Anspruch" gilt die tägliche Arbeit der rund 840 Mitarbeiter dem Erhalt und der Wiederherstellung der Gesundheit. Innerhalb eines Jahres werden durchschnittlich rund 13 000 zivile und militärische Patienten behandelt, weitere rund 13 000 Patienten werden ambulant versorgt. Die Auslastung der Klinik liegt bei rund 76 Prozent.
Das Sicherheitssystem innerhalb des Bundeswehrkrankenhauses wird laufend ausgebaut und nach individuellen Maßgaben gestaltet. Derzeit sind bereits 9 von 29 Gebäuden mit dem Zutrittskontrollsystem von primion ausgerüstet. Innerhalb der Gebäude sind schon heute allein 33 Türen durch Online-Leser geschützt. Die mechatronischen Digitalzylinder und Sicherheitsbeschläge des primion pkt-Systems sind mit der aktuell sehr sicheren Lesetechnologie LEGIC advant® ausgerüstet. Derzeit wird innerhalb des Klinikgeländes ein neues Bettenhaus erstellt, das ebenfalls mit primion-Systemen vor unbefugtem Eindringen geschützt werden soll.
Das Bundeswehrkrankenhaus Hamburg bietet das gesamte Spektrum der medizinischen Behandlung inklusive der Tumorchirurgie urologischer Erkrankungen. Bundesweit einmalig ist die Abteilung Psychiatrie und Psychotherapie mit dem Schwerpunkt auf der Behandlung posttraumatischer Belastungsstörungen. Das BWK ist als akademisches Lehrkrankenhaus dem Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE) angeschlossen.