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quantiom bioinformatics GmbH & Co. KG

Genexpressions-Studien: Von der Herstellung kundenspezifischer Chips bis zur maßgeschneiderten statistischen Auswertung

Mit ihrem Kooperationsvertrag bündeln BF-BIOlabs und quantiom bioinformatics ihre Kompetenzen zu einem Rundum-Serviceangebot für Genexpressions-Experimente

(PresseBox) (Freiburg/Karlsruhe, )
Ähnlich wie bei einem Tintenstrahldrucker werden bei der Herstellung von Gen-Chips sogenannte DNA-Sonden auf winzige Glasplättchen "gedruckt" als Gegenstücke zu RNA-Fragmenten (RNA: Ribonucleic acid), die aus Zellen extrahiert werden. RNA entsteht beim Ablesen eines Gens vom Chromosom und wird genutzt, um Proteine in der Zelle herzustellen. Die Existenz und Menge bestimmter RNA-Sequenzen ist charakteristisch für die Aktivität zugehöriger Gene. In einem Vergleichsexperiment auf jeweils einem Gen-Chip konkurrieren zwei Proben um Bindungsstellen. Werden beispielsweise in einer Studie die Unterschiede zwischen Krebszellen und Normalgewebe gesucht (differenzielle Genexpression), so lassen sich mit entsprechend vieler dieser Genchips alle Genaktivitäten aufzeichnen, die für Fehlregulationen in Zellen verantwortlich sein könnten. Durch Data-Mining Verfahren lassen sich die charakteristischen Veränderungen in den umfangreichen Messdaten wie in einer Rasterfahndung aufspüren.

Expertenwissen ist gefragt bei der Herstellung der Chips, der Durchführung der Experimente und der Auswertung der gemessenen Daten. Durch die Bündelung ihres Know-hows im Rahmen eines Kooperationsvertrages ermöglichen BF-BIOlabs und quantiom bioinformatics jetzt ein einzigartiges Service-Angebot für Microarray-Studien. In ihrem bestens ausgerüsteten Labor entwickelt BF-BIOlabs kundenspezifische Microarrays. Für die Durchführung der Experimente wird ein umfassender Service angeboten, von der Qualitätskontrolle der RNA, über Labeling und Hybridisierung bis zum Daten-Management. Auf die Chips von BF-BIOlabs abgestimmt bietet quantiom bioinformatics eine maßgeschneiderte statistische Auswertung auf Basis ihrer Generic Signal Profiler Software an. Diese berechnet in kurzer Zeit, welche gemessenen Genexpressionen relevant sind und fasst die Ergebnisse standardisiert in einem Berichtsdokument zusammen.
Auf die Expertise von quantiom bioinformatics wird in Microarray-Studien weltweit bei der Qualitätskontrolle der RNA vertraut, bevor diese im Experiment verwendet wird. Die von quantiom entwickelte RNA Integrity Number (RIN) gilt als Komponente im Agilent Bioanalyzer inzwischen als Gold-Standard zur Qualitätskontrolle von RNA. Die Softwareentwicklungen von quantiom bioinformatics wurden deshalb in den letzten Jahren regelmäßig mit Forschungs- und Innovationspreisen ausgezeichnet.

BF-BIOlabs und quantiom bioinformatics kommen mit dieser Kooperation einem grundlegenden Kundenbedürfnis nach, in diesem innovativen Feld einen Rundum-Service aus einer Hand zu planbaren Kosten anzubieten.

quantiom bioinformatics GmbH & Co. KG

Die quantiom bioinformatics GmbH & Co. KG ist ein auf Data-Mining und Zeitreihenanalyse spezialisiertes Unternehmen mit Wurzeln in der Universität Karlsruhe und der Universität Heidelberg sowie dem Deutschen Krebsforschungszentrum. Das Geschäftsmodell von quantiom fokussiert sich auf Lösungen für die komplexen Datenanalyse-Probleme der Life-Science-Industrie, insbesondere die Umsetzung durch automatisierte Analysestrategien.

quantiom entwickelt adaptive Software, stellt Beratung und Support für Entwicklung und Implementierung von kundenspezifischen Analysestrategien bereit. Darüber hinaus bietet quantiom die statistische Auswertung biomedizinischer Daten und die Entwicklung komplexer Regressions- und Klassifikationsmodelle als Dienstleistung an.
quantiom bioinformatics hat sich als innovatives Unternehmen einen Namen gemacht als Zulieferer von biostatistischen Datenanalysen, Softwarekonzepten und Softwareentwicklung. Bekanntestes Beispiel ist die RNA Integrity Number (RIN), eine adaptive Software, die in Agilent's 2100 Bioanalyzer integriert ist. Das Verfahren stellt hat sich als Industriestandard zur Qualitätskontrolle von RNA (Ribonukleinsäure) etabliert mit weltweiter Verwendung in Tausenden von Laboren.
quantioms Entwicklungsplattform 'Generic Signal Profiler' wurde beim doIT-Software Award 2006 ausgezeichnet und erhielt 2007 als Kategoriesieger Biotechnik den Innovationspreis der Initiative Mittelstand. Die für CGH-Daten adaptierte Software 'CGH-gala' wurde unlängst beim Industriepreis 2008 der Initiative Mittelstand ausgezeichnet.
Weitere Informationen zu quantiom bioinformatics finden Sie im Internet unter der Adresse www.quantiom.de

Über BF-BIOlabs:

Die BF-BIOlabs GmbH bietet Dienstleistungen im Biochip- bzw. Microarraybereich an. Kunden der BF-BIOlabs können auf 10jährige Erfahrung in diesem innovativen Feld zurückgreifen. BF-BIOlabs entwickelt und produziert kundenspezifische Microarrays zur Genidentifikation, SNP-Detektion und Genexpressionsanalyse. Darüber hinaus bietet BF-BIOlabs einen umfassenden Analyseservice an, beginnend mit der Qualitätskontrolle der RNA, Labeling, Hybridisierung und Data-Management. AbsolutPrecision-Printheads für MicroGrid- und GenetixQArray2-Spotter runden das Produktangebot der BF-BIOlabs ab.
Weitere Informationen zu BF-BIOlabs finden Sie im Internet unter der Adresse www.bf-biolabs.com

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