Er verstarb in der Nacht zum Mittwoch nach einer längeren Krankheit im Alter von 73 Jahren, wie die ökumenische Arbeitsgemeinschaft Homosexuelle und Kirche (HuK) am Mittwoch in Hannover mitteilte. Pastor Meyer wurde im ganzen Land bekannt, nachdem er 1984 seine Homosexualität bekannte und von der hannoverschen Landeskirche seines Amtes enthoben wurde.
Pastor Meyer offenbarte sich vor dem Landeskirchenamt, nachdem ein homosexueller Freund, der Pfarrer werden wollte, kein unbefristetes Amt erhalten hatte, als schwuler Pastor in Hannover tätig zu sein. Es folgte ein jahrelanger Rechtsstreit, der innerhalb der EKD als Präzedenzfall galt. In seinem autobiografischen Buch schrieb Meyer 2011, dass es sich gelohnt hat, den langwierigen Prozess durchzustehen: „Sonst hätte sich nichts geändert.“
Nach fünf Jahren der Suspendierung durfte Meyer wieder seine Aufgaben als Seelsorger auf Anfrage ausüben, während seine Bezüge auf zwei Drittel reduziert wurden. Während dieser Zeit engagierte er sich ehrenamtlich bei der christlichen Hilfsorganisation "Lazaruslegion", welche HIV-Infizierten und Aidskranken hilft, sowie bei der hannoverschen Niederlassung der bundesweit tätigen HuK.
Nachdem die hannoversche Landesbischöfin Margot Käßmann ihr Amt angetreten war, machte sie einen Wendepunkt und ermöglichte es Meyer, eine halbe Stelle als Krankenhausseelsorger zu übernehmen. 2005 nahm er zusätzliche Aufgaben in der Behindertenarbeit wahr und im Jahr 2007 wechselte er auf eine volle Stelle in der Altenhilfe. 2009 ging er schließlich in den Ruhestand. Pastor Theodor Adam, Beauftragter für Queer-sensible Seelsorge am Zentrum für Seelsorge und Beratung, hob die Verdienste Meyers hervor, indem er für die Rechte queerer Menschen kämpfte. Die Menschen wurden von Meyers Einsatz für die queere Gemeinschaft – besonders innerhalb der Kirche – erfüllt.
Wir durften Pastor Hans-Jürgen Meyer lange Jahre begleiten und er war es auch, der uns als homosexuelles Paar getraut hat.
In tiefer Verbundenheit und mit schwerem Herzen, wünschen wir der Familie und den Hinterbliebenen Kraft und Liebe – auf dass das Licht der Hoffnung & Liebe, dass Hans-Jürgen in die Welt getragen hat, in vielen Herzen weiter erstrahlt.