Die kostengünstige Sequenzierung mit hohem Durchsatz wie z.B. mit dem Genome Sequencer FLX System von 454 Life Sciences treibt derzeit die Untersuchung mikrobieller Gemeinschaften aus Umweltproben, der sog. Metagenomik, voran. Mittlerweile konzentriert sich die Forschung nun mehr auf die Datenanalyse als auf deren Beschaffung. Ein Team von Wissenschaftlern des Argonne National Laboratory, der Universität von Chicago und der San Diego State University hat ein open-source Tool zur automatischen Datenverarbeitung für metagenomische Sequenzierdaten entwickelt. Das Tool erstellt phylogenetische und funktionelle Zusammenfassungen von Genomen, indem die Sequenz mit Protein- und Nukleotiddatenbanken verglichen wird.
Der metagenomische RAST Server ist unter http://metagenomics.nmpdr.org/... erreichbar und basiert auf dem SEED Framework für vergleichende Genomik. Wissenschaftler können Datensätze entweder als Rohdaten oder assemblierte Contig DNA direkt in das vom GS FLX Instrument generierte Datenformat hochladen. "Wir haben das Analysetool speziell für Datensätze aus dem 454 Life Sciences Sequenziersystem entworfen," erläutert Rob Edwards, der Projektleiter. "Nur die langen Reads des GS FLX Systems gewährleisten die Spezifität, die benötigt wird, um Daten mit DNA oder Proteindatenbanken zur funktionellen Annotation zu vergleichen. Das macht die Plattform zum Instrument der Wahl in der metagenomischen Analyse."
Die in die Hoch-Durchsatz Pipeline eingespeisten metagenomischen Daten werden mit einer Reihe von bekannten Sequenzierdatenbanken verglichen, einschließlich rRNA Datenbanken und mitochondriale Datenbanken und werden dann auf Protein-dekodierende Gene überprüft. Das Tool stellt den Datentyp bereit, der benötigt wird für phylogenetische Vergleiche, funktionelle Annotationen, die Klasseneinteilung von Sequenzen, phylogenomisches Profiling und metabolische Rekonstruktionen.
"Wir sind gespannt auf die weitere Entwicklung dieses neuen Tools zur Online-Annotation," so Ulrich Schwoerer, Leiter des Globalen Marketing von 454 Life Sciences, einer Tochterfirma von Roche Applied Science. "Wir verbessern unsere Sequenziertechnologie kontinuierlich hinsichtlich höherem Durchsatz und längeren Leseweiten. Deswegen unterstützen wir die Gründung kollaborativer Netzwerke der metagenomischen Wissenschaftlergemeinschaft die Daten austauschen und analysieren."
Die Studie mit dem Titel "The metagenomic RAST server- a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes" erscheint im Journal BMC Bioinformatics.
454 Life Sciences, das Kompetenzzentrum für Sequenzierung von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative Genome Sequencer System für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA Sequenzierung. Spezielle Anwendungsfelder der Technik sind z.B. die de novo Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse, und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Regionen. Das 454 Genome Sequencer System zeichnet sich durch eine einfache Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten aus. Dadurch können umfangreiche wissenschaftliche Projekte im finanzierbaren Rahmen durchgeführt werden. In den letzten Monaten zeigte sich die enorm breite Einsetzbarkeit der Technik in so unterschiedlichen Bereichen wie der Krebsforschung, der Erforschung infektiöser Krankheiten, der Wirkstoffentwicklung, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie, etc.
Der metagenomische RAST Server ist unter http://metagenomics.nmpdr.org/... erreichbar und basiert auf dem SEED Framework für vergleichende Genomik. Wissenschaftler können Datensätze entweder als Rohdaten oder assemblierte Contig DNA direkt in das vom GS FLX Instrument generierte Datenformat hochladen. "Wir haben das Analysetool speziell für Datensätze aus dem 454 Life Sciences Sequenziersystem entworfen," erläutert Rob Edwards, der Projektleiter. "Nur die langen Reads des GS FLX Systems gewährleisten die Spezifität, die benötigt wird, um Daten mit DNA oder Proteindatenbanken zur funktionellen Annotation zu vergleichen. Das macht die Plattform zum Instrument der Wahl in der metagenomischen Analyse."
Die in die Hoch-Durchsatz Pipeline eingespeisten metagenomischen Daten werden mit einer Reihe von bekannten Sequenzierdatenbanken verglichen, einschließlich rRNA Datenbanken und mitochondriale Datenbanken und werden dann auf Protein-dekodierende Gene überprüft. Das Tool stellt den Datentyp bereit, der benötigt wird für phylogenetische Vergleiche, funktionelle Annotationen, die Klasseneinteilung von Sequenzen, phylogenomisches Profiling und metabolische Rekonstruktionen.
"Wir sind gespannt auf die weitere Entwicklung dieses neuen Tools zur Online-Annotation," so Ulrich Schwoerer, Leiter des Globalen Marketing von 454 Life Sciences, einer Tochterfirma von Roche Applied Science. "Wir verbessern unsere Sequenziertechnologie kontinuierlich hinsichtlich höherem Durchsatz und längeren Leseweiten. Deswegen unterstützen wir die Gründung kollaborativer Netzwerke der metagenomischen Wissenschaftlergemeinschaft die Daten austauschen und analysieren."
Die Studie mit dem Titel "The metagenomic RAST server- a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes" erscheint im Journal BMC Bioinformatics.
454 Life Sciences, das Kompetenzzentrum für Sequenzierung von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative Genome Sequencer System für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA Sequenzierung. Spezielle Anwendungsfelder der Technik sind z.B. die de novo Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse, und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Regionen. Das 454 Genome Sequencer System zeichnet sich durch eine einfache Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten aus. Dadurch können umfangreiche wissenschaftliche Projekte im finanzierbaren Rahmen durchgeführt werden. In den letzten Monaten zeigte sich die enorm breite Einsetzbarkeit der Technik in so unterschiedlichen Bereichen wie der Krebsforschung, der Erforschung infektiöser Krankheiten, der Wirkstoffentwicklung, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie, etc.
